南京地鐵集團有限公司內設10個部門包括辦公室、組織宣傳部、人力資源部、規劃發展部、質量安全部、資產管理部、財務部、監察室（審計部）、土儲管理部（土儲分中心）、信息中心，1個直屬單位：南京地鐵交通設施保護辦公室，4家全資子公司：南京地鐵建設有限責任公司、南京地鐵運營有限責任公司、南京地鐵資源開發有限責任公司、南京地鐵小鎮開發集團有限公司。集團定位為資金的平臺、資產的平臺、資源的平臺，以資金、資產、資源為紐帶，通過建立和完善公司治理機制、業務管控機制、財務監管機制、干部聘用機制、績效考核機制、項目管理機制和資金平衡機制等七大配套機制，協同好與建設、運營、資源開發、小鎮開發四個子公司的關系，促使四家子公司集中精力完成好南京地鐵自身建設、運營、資源開發和小鎮開發任務。